武漢工程大學王牌專業(yè)有：制藥工程專業(yè)、應用化學專業(yè)、高分子材料與工程專業(yè)、過程裝備與控制工程專業(yè)、化學工程與工藝專業(yè)。

最好的學科專業(yè)名單

國家級重點學科（2個）：化學制藥，為原化工部重點學科，現(xiàn)發(fā)展為制藥工程專業(yè)。化學工藝，1998年獲原化工部高等學校重點學科。

國家級特色專業(yè)（5個）：應用化學、高分子材料與工程 、過程裝備與控制工程、制藥工程 [20] 、化學工程與工藝。