重慶交通大學的王牌專業有土木工程,港口航道與海岸工程,水利水電工程,工程管理,工程造價，會計學,建筑學,給水排水工程,船舶與海洋工程等。

王牌專業

土木工程,港口航道與海岸工程,水利水電工程,工程管理,工程造價,會計學,建筑學,給水排水工程,船舶與海洋工程,交通工程,機械設計制造及其自動化,測繪工程,車輛工程,交通運輸,經濟學,電氣工程與自動化,航海技術,英語,地質工程,材料科學與工程

學科建設

學校現本科專業42個，分屬5大學科門類。土木工程、港口航道與近海工程、交通運輸工程、工程管理等4個專業為重慶市品牌專業。學校擁有重慶市“十一五”重點學科4個，即橋梁與隧道工程、道路與鐵道工程、港口、航道與近海工程和管理科學與工程，重慶市“十一五”立項建設重點學科3個，即工程力學、材料學和載運工具運用工程。