南京工業大學的強勢學科有：化學工程與工藝、計算機科學與技術、安全工程、土木工程、材料科學與工程、無機非金屬材料工程、高分子材料與工程、生物工程等。主要的強勢學科都是以理工科類為主。

南京工業大學王牌專業名單

一級學科國家重點學科：化學工程與技術

教育部特色重點學科項目：化學工程與技術

“十三五”省重點學科：化學、藥學

江蘇高校國家重點學科培育建設點：化工過程機械、生物化工

一級國家重點學科培育建設點（1個）、江蘇省一級重點學科（1個）：材料科學與工程。

江蘇省重點學科：生物化工、工業催化、材料物理與化學、材料學、巖土工程、安全技術及工程、發酵工程、化工過程機械

江蘇高校優勢學科建設工程：工業生物技術與醫藥制造、化學工程與技術、材料科學與工程、公共安全與節能、化學工程與技術、輕工技術與工程、材料科學與工程、安全科學與工程、先進能源技術與裝備、土木工程防災與節能

“十一五”校級重點學科：化學化工、工業生物技術、材料科學與工程、機電控制工程、土木建筑、人文社科與管理、安全能源環境、醫藥食品

“十一五”國家特色專業建設點：生物工程，安全工程，化學工程與工藝，計算機科學與技術，土木工程，過程裝備與控制工程，冶金工程，材料科學與工程，無機非金屬材料工程，高分子材料與工程，金屬材料工程，復合材料與工程

江蘇省特色專業：自動化、建筑學、土木工程、工程管理、應用化學、機械工程及自動化、計算機科學與技術、給排水科學與工程、城市規劃、環境工程

江蘇省品牌專業：化學工程與工藝、無機非金屬材料工程、過程裝備與控制工程、生物工程、勘查技術與工程、安全工程、制藥工程、建筑環境與設備工程