學校自1956年開始招收本科生，1978年開始招收研究生，1981年獲得碩士學位授權資格，1999年獲得同等學力人員申請碩士學位的授權資格，2003年獲準成為臨床醫學碩士專業學位培養單位，2009年獲準成為口腔醫學碩士專業學位培養單位。2016年中藥學、口腔醫學通過國務院學位委員會評估。從2005年起，先后與北京中醫藥大學、首都醫科大學、天津中醫藥大學聯合培養蒙醫學、中西醫結合、中醫內科學、影像醫學與核醫學、外科學、細胞生物學、中藥學等7個學科的博士研究生。2009年，學校被內蒙古自治區人民政府確定為自治區博士學位授權立項建設單位。建立了能夠同時培養本科生、碩士生、博士生層次齊全的民族醫學高等教育體系，形成了現代醫藥學、中醫藥學、蒙醫藥學高等教育“三位一體”的辦學特色。學校現有6個一級學科、47個二級學科碩士學位授權點、30個本科專業。其中，基礎醫學、臨床醫學、中醫學、藥學、中藥學、護理學6個碩士學位授權學科為一級學科。本科專業中，蒙醫學、中藥學和蒙藥學被教育部評為高等學校特色專業；蒙醫學專業被教育部批準為“地方高校第一批本科專業綜合改革試點”項目。臨床醫學、中醫學、藥學、蒙醫學、中藥學、護理學、影像醫學與核醫學、口腔醫學、麻醉學、藥物制劑技術等13個專業為自治區品牌專業；組織學和胚胎學、病理解剖學、藥用植物學和生藥學、藥理學、病理生理學、中醫診斷學、生物化學、兒科學、外科學、蒙醫診斷學、天然藥物化學、基礎護理學、診斷學、醫學遺傳學、蒙醫療術學、藥物分析、護理學基礎、中醫內科學、藥物化學、影像醫學與核醫學、社區護理學、人體解剖學、口腔頜面外科學、蒙醫方劑學等40門課程為自治區精品課程。學校現有全日制在校生14715人。其中，本科生10732人、專科生2297人、研究生1526人、留學生90人，民族預科生70人，本科各專業面向國內28個省、市、自治區招生。

學校現有骨科、神經外科和普通外科3個國家臨床重點建設專科，蒙醫脾胃病科1個國家中醫藥管理局重點建設專科，蒙醫學、蒙藥學、傷寒學3個國家中醫藥管理局重點建設學科。有中醫學（蒙醫學）1個自治區優勢特色學科，病理學與病理生理學、眼科學、影像醫學與核醫學、外科學（普外、骨外）和民族醫學（蒙醫學）5個自治區重點學科，人體解剖與組織胚胎學、內科學（血液病）2個自治區重點培育學科；有8個自治區臨床醫學領先學科，18個自治區臨床醫學重點學科，2個自治區級協同創新培育中心；有自治區中蒙藥重點實驗室、自治區醫學細胞生物學重點實驗室、自治區分子病理學重點實驗室、自治區分子生物學重點實驗室、自治區分子影像學重點實驗室、自治區臨床病原微生物重點實驗室6個自治區重點實驗室；有蒙醫器械研發工程技術研究中心、分子與功能影像工程技術研究中心、自治區數字轉化醫學工程技術研究中心3個自治區工程技術研究中心；有新藥篩選工程研究中心、動物臟器高值化利用生物活性肽工程實驗室、腫瘤細胞基因檢測應用與研究工程實驗室3個自治區工程研究中心（實驗室）；有1個自治區人文社會科學重點（培育）研究基地;有生物醫學綜合實驗教學中心、形態學實驗教學中心、藥學基礎實驗教學中心、中蒙醫臨床模擬實驗教學中心、護理實驗教學中心、臨床技能培訓實驗教學中心6個自治區級實驗教學示范中心。其中，中蒙醫臨床模擬實驗教學中心被評為國家級實驗教學示范中心,蒙醫學虛擬仿真實驗教學中心被評為國家級虛擬仿真實驗教學中心。內蒙古蒙醫藥博物館和內蒙古自治區衛生政策研究所、心血管研究所、骨科研究所設在我校。學校緊密依托蒙醫藥學院和藥學院的教學資源支撐、內蒙古國際蒙醫醫院的醫療資源支撐、內蒙古蒙醫藥博物館的館藏文獻資源支撐、蒙藥研究所和GLP實驗室的科技創新平臺支撐，全力打造蒙醫藥學科與專業特色，使該學科成為學校的優勢特色學科，被自治區和國家中醫藥管理局評為重點學科。2016年完成了國家中醫藥管理局重點學科蒙醫學驗收工作和蒙藥學建設任務，蒙藥學重點實驗室和蒙醫藥博物館（蒙醫文獻學科)獲批為自治區醫療衛生領域重點實驗室，進一步鞏固了學校該學科在世界范圍內的領跑地位。

學校現有專任教師933人。其中，正高246人，副高272人，具有博士學位人員347人，碩士學位人員495人，專任教師中具有碩士及以上學位教師的比例為90.24%。有碩士生導師643人，兼職博士生導師19人。享受國務院政府特殊津貼專家64人，國家和自治區有突出貢獻的中青年專家35人，國家“新世紀百千萬人才工程”人選1人，有國家級教學名師1人，全國優秀教師1人，自治區杰出人才6人，自治區草原英才創新團隊34個、自治區草原英才70人，自治區“新世紀321人才工程”第一、二層次人選140人次，自治區高等教育“111人才工程”第一、二層次人選9人，自治區師德標兵1人，自治區教學名師12人，自治區優秀教師10人，自治區教壇新秀9人，自治區重點建設專業2個，創建了1個國家級教學團隊和9個自治區級教學團隊，4個自治區科技創新團隊和2個自治區高等學校創新團隊。學校著名蒙醫專家蘇榮扎布、吉格木德教授被評為“國醫大師”。

近年來，學校承擔各級各類科研項目1700余項。其中，國家自然科學基金項目189項，國家社科基金項目3項。學校參與研究的科研成果榮獲國家科技進步二等獎1項，自治區科學技術獎76項（一等獎2項、中青年科技創新獎1項、二等獎31項、三等獎42項）；自治區哲學社會科學優秀成果政府獎15項（一等獎1項、二等獎3項、三等獎11項）。獲得國家專利授權48項。其中，發明專利24項、實用新型專利22項、外觀設計專利2項。學校主辦的《內蒙古醫科大學學報》被教育部科技司評為“中國高校特色科技期刊”，被中國科學技術信息研究所確定為“中國科技論文統計源期刊”；出版的《疾病監測與控制》是中華預防醫學會系列雜志。

學校一貫堅持開放辦學的方針，重視與國內外高校的交流與合作。與北京大學醫學部、北京中醫藥大學、中國軍事醫學科學院、首都醫科大學、天津中醫藥大學等高等院校建立了長期的合作關系；與日本、蒙古國、泰國等國家和地區的多所醫藥院校或科研單位開展了多層次、多領域的學術交流與合作。

內蒙古醫科大學作為一所地方高等醫藥院校，始終堅持，全面貫徹黨的教育方針，遵循醫學高等教育發展規律，以服務民族自治地方醫藥衛生事業，辦人民滿意的醫學高等教育為己任，主動適應內蒙古自治區經濟社會發展需要，以培養高素質醫藥衛生人才為根本任務，以一流學科建設為抓手，秉承“博學、尚行、精誠、至善”的校訓，升華“艱苦創業、和衷共濟、革故鼎新、潔己奉獻”的“內醫大精神”，不斷實現學校教育事業的科學發展。