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學校創建于1934年11月21日，坐落在廣西壯族自治區首府南寧市。學校前身是廣西省立醫學院，1940年校址遷至桂林；學校創建到新中國成立前，學校在戰亂中六次遷徙校址，四次變更校名；新中國成立后，1949年11月更名為廣西省醫學院；1952年由中央衛生部委托中南衛生部直接領導；1953年4月中央衛生部批準改稱為廣西醫學院；1954年7月由桂林遷回南寧市現址至今；1996年5月教育部批準更名為廣西醫科大學。

學校是是全國建校較早的22所醫學院校之一，是全國最早定點招收外國留學生、港澳臺學生和華僑學生的8所醫學院校之一，是教育部批準的有招收本科臨床醫學專業（英語授課）留學生資格的首批30所高校之一，是廣西壯族自治區人民政府重點建設的三所大學之一，是廣西醫學教育、醫學研究、臨床醫療和預防保健的中心。2020年，廣西壯族自治區人民政府和國家衛生健康委員會共建廣西醫科大學，標志著學校正式進入省部共建高校行列。

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