本科生6000元/學(xué)年，長學(xué)制學(xué)生本科階段按本科生標(biāo)準(zhǔn)收取，進入二級學(xué)科階段按照當(dāng)年同類研究生學(xué)費標(biāo)準(zhǔn)收取；
住宿費1200元/學(xué)年。

北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部的前身是國立北京醫(yī)學(xué)專門學(xué)校，創(chuàng)建于1912年10月26日，是中國政府依靠自己的力量開辦的第一所專門傳授西方醫(yī)學(xué)的國立醫(yī)學(xué)校。
1903年，清朝政府在京師大學(xué)堂設(shè)立醫(yī)學(xué)實業(yè)館，1904年，醫(yī)學(xué)實業(yè)館改稱醫(yī)學(xué)館，遷入北京和平門外八角琉璃井由興勝寺廟宇改建的館舍，1907年停辦。1910年，此館舍被施醫(yī)總局（當(dāng)時的衛(wèi)生部門）買去，為日后創(chuàng)立國立北京醫(yī)學(xué)專門學(xué)校提供了條件。

1911年，辛亥革命推翻了清王朝，建立了中華民國，在當(dāng)時的中國知識分子向西方學(xué)習(xí)的風(fēng)潮下，西醫(yī)在中國的地位，有了明顯的變化。一批從海外留學(xué)回來的醫(yī)學(xué)教育家立志通過發(fā)展醫(yī)學(xué)事業(yè)，增強人民的體質(zhì)，以洗刷長期壓在中國人頭上的“東亞病夫”的恥辱。1912年9月，中華民國教育部電召從日本留學(xué)歸來正在籌建浙江省立醫(yī)學(xué)專門學(xué)校的杭州人湯爾和到京，籌劃創(chuàng)立醫(yī)學(xué)校事宜。教育部以價銀10，000兩購買了已經(jīng)停辦的醫(yī)學(xué)館館舍，劃撥給國立北京醫(yī)學(xué)專門學(xué)校使用，10月16日，中華民國教育部任命組織學(xué)教授湯爾和先生為北京醫(yī)學(xué)專門學(xué)校校長，并于10月26日頒發(fā)校章。至此，中國第一所國立西醫(yī)學(xué)校正式誕生。當(dāng)時教職工9人，首批學(xué)生72人。湯爾和在開學(xué)典禮上以“促進社會文化，促進文明，減少人們痛苦，用學(xué)術(shù)來和列強競爭”，定位學(xué)校之辦學(xué)目的。湯爾和在建校后當(dāng)年，根據(jù)醫(yī)學(xué)教育的需要，結(jié)合中國國情制定了中國的《解剖條例》，多次呈文教育部請求公布，于1913年11月獲準(zhǔn)公布，這是中國第一個解剖法令，是北京醫(yī)學(xué)專門學(xué)校對中國醫(yī)學(xué)教育的一大貢獻，使中國的醫(yī)學(xué)發(fā)展真正建立在科學(xué)的基礎(chǔ)上。1915年2月，學(xué)校診察所正式開業(yè)。1923年9月，國立北京醫(yī)學(xué)專門學(xué)校奉命改建為國立北京醫(yī)科大學(xué)校，并首次將醫(yī)學(xué)生學(xué)制設(shè)為六年制。1927年北京醫(yī)科大學(xué)校與北京所有國立高等學(xué)校被改組，合并成立國立京師大學(xué)校，成為京師大學(xué)校的一個科，更名為國立京師大學(xué)校醫(yī)科。同年，學(xué)校附設(shè)的診察所擴充為學(xué)校附屬醫(yī)院。1928年11月，京師大學(xué)校改組為國立北平大學(xué)，醫(yī)科改為醫(yī)學(xué)院，成為北平大學(xué)醫(yī)學(xué)院。1929年，根據(jù)北平大學(xué)的《組織規(guī)程》，規(guī)定醫(yī)學(xué)院以研究高深學(xué)術(shù)，培養(yǎng)醫(yī)學(xué)專門人才為宗旨。1931年，建立我國醫(yī)學(xué)校中第一個法醫(yī)教研室。1937年抗日戰(zhàn)爭爆發(fā)后，國立北平大學(xué)西遷，部分醫(yī)學(xué)院師生一同西遷。留在北京的醫(yī)學(xué)院院務(wù)完全停頓，1938年1月，當(dāng)時的教育部將原北京大學(xué)和北平大學(xué)合并辦起“國立北京大學(xué)”，醫(yī)學(xué)院為下設(shè)的六個學(xué)院之一。5月復(fù)課，并接收燕京大學(xué)和協(xié)和醫(yī)學(xué)院師生繼續(xù)學(xué)院的教學(xué)。1945年12月北京各公立大學(xué)被統(tǒng)一編為“北平臨時大學(xué)補習(xí)班”，北平大學(xué)醫(yī)學(xué)院被編為“臨時大學(xué)補習(xí)班第六分班”。1946年7月，北京大學(xué)在北平復(fù)校。北平臨時大學(xué)補習(xí)班第六分班連同附屬醫(yī)院一同并入北京大學(xué)，成為北京大學(xué)醫(yī)學(xué)院。院長先后為解剖學(xué)教授馬文昭先生、生理學(xué)教授沈鈞淇先生和皮膚科學(xué)教授胡傳揆先生。胡傳揆教授同時任醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院（亦稱北大醫(yī)院）院長。從此，學(xué)校作為北京大學(xué)的一部分，開始了新的歷程。

1952年，全國高等學(xué)校院系調(diào)整，北京大學(xué)醫(yī)學(xué)院脫離北京大學(xué)，獨立建院并更名為北京醫(yī)學(xué)院，院長為胡傳揆教授。直屬中央衛(wèi)生部領(lǐng)導(dǎo)，辦學(xué)經(jīng)費由中央財政部轉(zhuǎn)中央衛(wèi)生部撥付。北醫(yī)校址遷至今日的北京市海淀區(qū)學(xué)院路38號，由此，醫(yī)學(xué)院開始了較大的發(fā)展。
1959年北醫(yī)被國家確定為全國十六所重點院校之一。1984經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)，在全國重點建設(shè)10所大學(xué)，北京醫(yī)學(xué)院是唯一所醫(yī)科學(xué)校，院長為醫(yī)學(xué)教育專家馬旭研究員。
1985年學(xué)校更名為北京醫(yī)科大學(xué)，運動醫(yī)學(xué)專家曲綿域教授任校長。
進入20世紀90年代中期，中國政府確立了教育發(fā)展改革綱要，明確提出“211工程”，即重點建設(shè)若干所大學(xué)，使之接近或達到或超過世界一流水平。1996年8月28日，北京醫(yī)科大學(xué)正式通過了國家首批“211工程”建設(shè)項目的論證，再次成為中國政府重點支持的醫(yī)科大學(xué)。從1991年至2000年4月，校長為血液病學(xué)專家王德炳教授。2000年4月3日，北京醫(yī)科大學(xué)與北京大學(xué)正式合并，組建新的北京大學(xué)。2000年5月4日，北京醫(yī)科大學(xué)正式更名為北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部，中國科學(xué)院院士、病理生理專家韓啟德教授出任北京大學(xué)常務(wù)副校長并兼任醫(yī)學(xué)部的主任。2003年，腫瘤分子生物學(xué)專家柯楊教授任北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部常務(wù)副主任至今。