高校對通過強基計劃錄取的學生單獨制定培養方案，采取導師制、小班化等培養模式。建立激勵機制，增強學生的榮譽感和使命感。暢通成長發展通道，對學業優秀的學生，高校可在免試推薦研究生、直博、公派留學、獎學金等方面予以優先安排。

以同濟大學為例，2021年強基計劃將采用本-研銜接的培養模式。全部學生進入新生院專門的學堂進行為期兩年的數學、物理、化學、生物、力學等基礎學科強化學習，同時進行通識教育與計算機、外語及寫作等能力的培養。第三年，在高端導師的引領下，依托各前沿科學中心、重大科研臺進行學習。第四年，完成培養方案所規定的階段學習任務且考核合格的學生，將通過專門的渠道進入研究生學習階段攻讀博士學位，研究方向主要面向服務國家重大戰略的高端芯片與軟件、智能科技、新材料、先進制造和國家安全等關鍵領域的需求。

整個培養過程依托學校重大科研臺，配備一流的師資，加強通識教育、夯實數理化生基礎、提升國際化交流水、推動大師引領營造學術氛圍、提供前沿科學實踐臺，實行小班化、研討式、探究式教學，著力培養未來科學和技術領軍人才，努力使受計劃支持的學生成長為服務于國家重大戰略需求領域和相關基礎學科的社會棟梁與專業精英。

在前三年，每學年末開展綜合評估，綜合評估以學業成績為基礎，由綜合評估小組做出評價，不適應強基計劃培養的學生可轉入同專業普通班學習。在研究生階段，根據研究生培養的相關規定進行考核和分流，相應取得碩士或博士學歷/學位。

學校將專門為強基計劃學生制定獎助政策；所有順利畢業的強基計劃學生將獲得同濟大學頒發的榮譽證書；學生在學期間，在出境交流和交換、參加CSC項目等方面給予重點傾斜。