蒙醫學基礎、蒙藥學、蒙醫方劑學、蒙藥藥用植物學、蒙藥化學、蒙藥制劑學、蒙藥鑒定學、蒙藥炮制學、蒙藥藥劑學、蒙藥藥理學、蒙藥分析、蒙藥資源、藥事法規、蒙藥志、內蒙古植物藥志、蒙藥材標準等。

蒙藥學專業培養具備蒙藥學基本理論．基本知識和基本實驗技能以及與其相關的蒙醫學、藥學等方面的知識與能力，能在蒙藥生產、檢驗、流通、使用和研究與開發領域從事蒙藥鑒定、設計、制劑及臨床合理用藥等方面工作的高級科學技術人才。

蒙藥學專業學生主要學習蒙藥學各主要分支學科的基本理論和知識，受到蒙藥學實驗方法和技能的系統訓練，具有蒙藥鑒定、蒙藥炮制、蒙藥制備、質量控制評價的基本能力。蒙藥學專業就業方向：蒙藥學專業畢業生可咋蒙藥制藥企業、蒙藥研究部門、食品衛生監督管理部門，藥品檢驗部門，醫院藥劑科，食品生產企業、醫院、療養院、康復中心（從事食譜，藥膳，工藝設計，質量評價等研究工作）等部門或報考蒙藥學碩士研究生，繼續深造學習。

蒙藥學專業就業前景：蒙藥學專業在專業學科中屬于醫學類中的藥學類，其中藥學類共10個專業，蒙藥學專業在藥學類專業中排名第9，在整個醫學大類中排名第36位。截止到 2013年12月24日，36954位蒙藥學專業畢業生的均薪資為 4020 元，其中應屆畢業生工資2932元，8-10年工資2999元，0-2年工資3506元，3-5年工資3967元。