中國(guó)高等航海教育發(fā)軔于上海，1909年晚清郵傳部上海高等實(shí)業(yè)學(xué)堂（南洋公學(xué)）船政科開創(chuàng)了我國(guó)高等航海教育的先河。1912年成立吳淞商船學(xué)校，1933年更名為吳淞商船專科學(xué)校。1959年交通部在滬組建上海海運(yùn)學(xué)院。2004年經(jīng)教育部批準(zhǔn)更名為上海海事大學(xué)。為更好地服務(wù)上海國(guó)際航運(yùn)中心建設(shè)和國(guó)家航運(yùn)事業(yè)發(fā)展，根據(jù)上海市高校布局結(jié)構(gòu)調(diào)整規(guī)劃，2008年上海海事大學(xué)主體搬遷臨港新城。2009年學(xué)校舉行百年校慶系列活動(dòng)。

上海海事大學(xué)是一所以航運(yùn)、物流、海洋為，具有工學(xué)、管理學(xué)、經(jīng)濟(jì)學(xué)、法學(xué)、文學(xué)、理學(xué)和藝術(shù)學(xué)等學(xué)科門類的多科性大學(xué)。2008年，上海市人民政府與交通運(yùn)輸部簽訂協(xié)議，共建上海海事大學(xué)。

學(xué)校設(shè)有2個(gè)博士后科研流動(dòng)站（交通運(yùn)輸工程、電氣工程），4個(gè)一級(jí)學(xué)科博士點(diǎn)（交通運(yùn)輸工程、管理科學(xué)工程、船舶與海洋工程、電氣工程），23個(gè)二級(jí)學(xué)科博士點(diǎn)，16個(gè)一級(jí)學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)，60個(gè)二級(jí)學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)，8個(gè)專業(yè)學(xué)位授權(quán)類別（其中工程碩士包含10個(gè)授權(quán)領(lǐng)域），48個(gè)本科專業(yè)。擁有12個(gè)省部級(jí)重點(diǎn)研究基地。現(xiàn)有1個(gè)國(guó)家重點(diǎn)（培育）學(xué)科，1個(gè)上海市高峰學(xué)科，2個(gè)上海市高原學(xué)科，9個(gè)部市級(jí)重點(diǎn)學(xué)科，工程學(xué)科進(jìn)入ESI全球前1%,港航物流學(xué)科保持全球領(lǐng)先。5個(gè)國(guó)家級(jí)專業(yè)，1個(gè)國(guó)家級(jí)綜合改革試點(diǎn)專業(yè)，6個(gè)教育部卓越工程師教育培養(yǎng)計(jì)劃專業(yè)，17個(gè)上海市本科教育高地。現(xiàn)有2個(gè)國(guó)家級(jí)實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心，2個(gè)國(guó)家級(jí)虛擬仿真實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心，5個(gè)國(guó)家級(jí)實(shí)踐教學(xué)示范中心，1個(gè)全國(guó)示范性工程專業(yè)學(xué)位研究生聯(lián)合培養(yǎng)基地。設(shè)有水上訓(xùn)練中心，擁有萬(wàn)噸級(jí)集裝箱教學(xué)實(shí)船“育鋒”輪，4.8萬(wàn)噸散貨教學(xué)實(shí)船“育明”輪。

在2004年教育部本科教學(xué)工作水評(píng)估和2006年教育部英語(yǔ)專業(yè)教學(xué)評(píng)估中獲得優(yōu)秀。2018年，年度科技總經(jīng)費(fèi)達(dá)到3.7億元，獲一批國(guó)家級(jí)科研項(xiàng)目及部市級(jí)以上科技進(jìn)步獎(jiǎng)。

實(shí)行校院二級(jí)管理體制，現(xiàn)設(shè)有商船學(xué)院、交通運(yùn)輸學(xué)院、經(jīng)濟(jì)管理學(xué)院（設(shè)亞洲郵輪學(xué)院）、物流工程學(xué)院（設(shè)中荷機(jī)電工程學(xué)院）、法學(xué)院、信息工程學(xué)院、外國(guó)語(yǔ)學(xué)院、海洋科學(xué)與工程學(xué)院、文理學(xué)院（設(shè)馬克思主義學(xué)院）、徐悲鴻藝術(shù)學(xué)院、物流科學(xué)與工程研究院、上海高級(jí)國(guó)際航運(yùn)學(xué)院等二級(jí)辦學(xué)部門。在24000余名學(xué)生中，有本科生16500余人，各類在校研究生5000人，留學(xué)生700名。在1200余名專任教師中，有教授160余名，具有博士學(xué)位的教師比例約63%。學(xué)校致力于培養(yǎng)國(guó)家航運(yùn)業(yè)所需要的各級(jí)各類專門人才，已向全國(guó)港航企事業(yè)單位及政府部門輸送了畢業(yè)生逾16萬(wàn)，被譽(yù)為“高級(jí)航運(yùn)人才的搖籃”。