南京醫科大學是一所一本大學，學校是江蘇省屬重點建設高校，獲準成為首批教育部、國家衛生計生委與省政府共建醫學院校。

學校設有19個學院（包含康達學院）。擁有24所附屬醫院和50多所教學醫院。學校校本部現有在職教職工1700多人，其中學校編制專任教師884人。有教授215人、副教授305人，有博士生導師407人、碩士生導師1616人。學校現有中國工程院院士1名，美國國家醫學院外籍院士1名，“獎勵計劃”特聘教授3名、青年學者2名，國家“”百千萬工程領軍人才1人，國家“”科技創新領軍人才3人，國家“”青年拔尖人才2人，國家百千萬人才工程7人，國家杰出青年科學基金獲得者9人，優秀青年基金獲得者12人，國家級教學名師1人，全國優秀教師1人，江蘇特聘教授32人，“國家級教學團隊”3個，教育部“創新團隊”1個。

學校現有一級學科博士學位授權點8個（生物學、基礎醫學、臨床醫學、口腔醫學、公共衛生與預防醫學、藥學、特種醫學、護理學）、二級學科博士學位授權點54個、3個交叉學科博士學位授權點（臨床醫學工程、人文醫學、健康政策管理）；一級學科碩士學位授權點12個、二級學科碩士學位授權點67個；博士后科研流動站7個，學位授權點已覆蓋醫學、理學、工學、管理學、法學、教育學和文學等7個學科門類；擁有3個國家重點學科、1個國家重點培育學科、29個國家臨床重點專科、2個江蘇省一級學科重點學科、3個江蘇省一級學科重點培育學科。在全國第四輪學科評估中，我校公共衛生與預防醫學在全國54所參評高校中獲評A+等級。臨床醫學、分子生物學與遺傳學、生物學與生物化學、神經科學與行為學、藥理學和毒理學、免疫學、社會科學總論7個學科進入ESI全球排名前1%，其中，臨床醫學學科進入ESI全球排名前1‰。基礎醫學、臨床醫學、口腔醫學、公共衛生與預防醫學、藥學、護理學等7個學科立項為江蘇高校優勢學科建設工程三期項目。