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新疆醫科大學是一所集醫療、衛生、藥學教學和科研為一體的綜合性醫科大學，目前內設17所學院（中醫學院、基礎醫學院、第一臨床醫學院、第二臨床醫學院、第三臨床醫學院、第四臨床醫學院、第五臨床醫學院、成人教育學院、厚博學院、公共衛生學院、藥學院、成教學院、護理學院、醫學工程技術學院、國際醫學教育學院、研究生院、語言學院），2個部（人文社會科學部、體育教學部），4個系（中醫系、口腔系、針灸骨傷系、中藥系），5所附屬醫療機構。 大學本部現有1個七年制臨床醫學專業，17個本科專業和專業方向，28個�？茖�業和專業方向；擁有臨床醫學、藥學、環境衛生等一級學科博士后流動站3個，博士學位點3個，二級學科碩士學位點35個 , 一級學科專業碩士學位點2個；設有8個自治區級研究所（中心），5個自治區級重點學科，2個自治區級重點實驗室，在全疆各地建有各類臨床教學實基地40余所。同時是全國48所高�！霸诼毴藛T申請研究生學位授權單位”、全國45所高�！芭R床醫學專業試點學位單位”和全國公共衛生管理專業碩士（ MPH ）授予單位之一，擁有碩士生導師、博士生導師審批權、教師系列副教授、衛生系列主 任 醫師專業技術職務評審權。 大學本部占地面積2696畝，建筑面積70萬方米。

大學本部現有教職工6225人，專業技術人員4617人，具有高級專業技術職務人員947人�，F有博士生導師35名，碩士生導師335名。全校有43名專家享受國家政府特殊津貼，13位同志獲自治區有突出貢獻的優秀專家稱號。 大學本部目前同美、英、法、日、俄、巴基斯坦、哈薩克斯坦等17個國家以及國內20多所高等院校或科研機構建立了合作關系。圖書館擁有館舍5452方米 ，藏書40余萬冊。

新疆醫科大學厚博學院為2003年5月6日 獲準成立，并根據2004年2月5日 教育部教發函［2004］13號文件正式批準， 由新疆醫科大學舉辦的一所按新機制、新模式運作，充分依托、發揮新疆醫科大學綜合辦學優勢，中西醫并重，具有濃郁地域的本、�？茖哟蔚木C合性高等醫學院校。 厚博學院現有教學管理科、學生管理科、財務管理辦公室、綜合辦公室等4個職能科室，8名工作人員。