學校科研實力雄厚，是國家科技部新藥臨床試驗研究(GCP)中心、國家教育部中藥炮制規范化及標準化工程研究中心、江蘇省植物藥深加工工程研究中心、江蘇省海洋藥物研究開發中心、江蘇省中藥質量控制工程技術研究中心的依托建設單位。學校現有1個國家教育部工程研究中心、3個點省部級工程研究中心、2個省重點研究機構、1個江蘇高校協同創新中心、1個省部共建針藥結合重點實驗室、3個國家中醫藥管理局重點研究室、6個江蘇省重點實驗室、8個國家中醫藥管理局三級實驗室、1個國家中醫藥管理局二級實驗室、2個南京市工程技術研究中心、2個校級重點實驗室。學校構建形成了“一個中心、四大板塊”的科技臺布局，即江蘇省中醫藥研究與新藥創制中心和南京中醫藥大學科技園、南京高新技術開發區中藥產業園區、中國醫藥城中醫藥研究院、江蘇生命科技園，加快推進“產、學、研”結合，積極為地方經濟社會發展服務。

學校治學嚴謹，學術氛圍濃厚，名家云集，人才輩出，涌現出了一批又一批蜚聲海內外的專家、學者，培養并誕生了9位“國醫大師”(占全國的三分之一)、5位中醫藥界院士(占全國的二分之一)。年來，先后有10余人次榮獲“國家級有突出貢獻中青年專家”、“國家教學名師”、“全國模范教師”、“全國優秀教師”、“全國先進工作者”、“全國師德建設先進個人”等各類全國性榮譽稱號和表彰。

學校是世界衛生組織(WHO)傳統醫學合作中心、國家衛生部確定的國際針灸培訓中心、全國中醫師資進修教育基地、中國中醫文獻檢索中心分中心，同時也是首批獲國家教育部批準接受和培養外國留學生及臺港澳地區學生的高等中醫藥院校。2011年6月20日，學校與澳大利亞皇家墨爾本理工大學合作建立了全球首家中醫孔子學院，時任國家副主席出席了揭牌儀式并發表重要講話。學校目前與世界90多個國家和地區有著廣泛交流和聯系，并與世界30多個國家和地區的政府、高等院校或學術團體及機構建立了友好合作關系，具有較高的國際聲譽和影響力。 面向未來，南京中醫藥大學將進一步繼承和發揚辦學的優良傳統和作風，不斷深化體制機制改革，大力實施“人才強校、質量興校”戰略，加強內涵建設，提升辦學水，通過辦學規模、結構、質量、效益的協調發展，積極創建“國內一流、國際著名”的研究教學型中醫藥大學，努力躋身于全國具有鮮明的高水大學行列。

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