學校現有1個省部共建國家重點實驗室培育基地、4個部級重點實驗室、8個省級重點實驗室（工程研究中心）。“十五”期間，學校承擔省級以上研究課題530項，獲得國家自然科學基金課題119項，是“九五”期間的4.4倍。進入“十一五”以來，學校的科研水快速攀升，獲得國家自然科學基金項目不斷實現新突破，發表的SCI論文數量及論文影響因子迅猛增長。2008年，我校獲得69項國家自然科學基金項目，全校發表“SCI”論文260多篇，均創歷史新高。

學校現已建成4門國家級精品課程、8門省級精品課程，有1個國家級專業、1個國家級專業建設點、4個省級專業，有3個省級品牌專業，建成1個國家級實驗教學示范中心、5個省級實驗教學示范中心、10個中央和地方財政共建高校教學實驗室。有多部教材入選國家“十一五”規劃教材。2004年，國家教育部對南京醫科大學本科和七年制教育教學工作進行全面質量評估，結果均為“優秀”。學校的招生和就業工作受到社會各界的好評，多次被評為“江蘇省畢業生就業工作先進集體”，多次獲得江蘇省“文明單位”、“文明學校”榮譽稱號。

學校設有兩個校區（五臺校區和江寧校區）。五臺校區位于南京市鼓樓區五臺山南麓，占地120畝，是科研和研究生教育中心。江寧校區位于南京市江寧區大學城，占地面積1470畝，是本科生教育教學中心。學校圖書館藏書總量達120余萬冊，有中外文期刊5700余種，是江蘇省醫學圖書中心館和高校文獻保障系統醫學文獻中心。學校主辦有《南京醫科大學學報》、《臨床皮膚病學》、《臨床神經病學雜志》、《江蘇醫藥》等10多種學術期刊。

年來，南京醫科大學開展了廣泛的對外交流活動，積極與國內外的高等院校建立形式多樣的聯系與合作。學校與美國、澳大利亞、日本、法國等國家的醫學院校或科研機構建立了雙邊合作、學術交流關系，并聘請了一批知名專家、學者擔任學校名譽教授、客座教授。同時，學校還定期派遣教師出國交流訪問、留學進修。學校于2002年恢復招收留學生和港澳臺學生，現有在校留學生和港澳臺學生500多人。

七十五年來，南京醫科大學秉承“博學至精，明德至善”的校訓精神，始終堅持“醫學與人文融通、教學與科研并重、基礎與應用結合”的辦學理念，為國家培養了一批又一批醫學人才，他們分布在全國各地的醫院、疾病控制中心、醫學研究機構和衛生行政部門，許多畢業生已成為國內外著名醫學專家和學者，為我國醫學教育和衛生事業的發展做出了重要貢獻！

面對新的發展機遇，全校師生員工正戮力同心，銳意進取，積極推進實施“十一五”發展規劃，努力把學校建成一所高水研究教學型醫科大學！

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