二、事業單位進行內部控制應遵循的原則
事業單位的內部控制是一個比較系統的工作。要實現有效的內部控制就要遵循以下幾個原則：
1．單位內部的協調配合
在單位的各項經營活動的處理中，不是單一的某個工作人員或者部門就能夠完成，它需要各個人員和部門進行相互協調和配合，在完成任務的過程中，也要相互進行制約和監督。對于不同的工作崗位和工作部門應該進行同步，每一項業務的辦理手續和流程的銜接都要足夠的緊密，避免執行事業單位的內部控制制度時，出現脫節的現象，保證事業單位內部業務處理的連續性和有效性。
2．單位內部工作崗位職責的明確
在事業單位的內部控制中，要按照日業務活動的性質和功能類型，對工作崗位進行劃分，同時對其賦予相應的工作內容和職責權限，規定操作規程和處理手續，明確紀律規則和檢查標準，同時，保證不相容的崗位相互分離，確保不同崗位之間權責分明、形成相互協作、相互制約的機制。
3．成本效益原則
在對事業單位的內部控制制度進行設計時，要充分考慮單位本身的特質、管理水、業務處理范圍等因素，要盡可能的設計出適合本單位的內部控制制度。此外，要估計實際情況，力求成本小，保證執行內部控制的成本低于由此所產生的管理收益，以確保事業單位的穩定運行。
4．適時性
對于事業單位的內部控制制度的制定并不是固定的，要隨時根據國家的相關規定、單位的業務范圍以及管理等外部客觀環境進行必要的調整和完善，以有助于內部控制制度更好的執行。

三、事業單位完善內部控制的若干建議
事業單位的內部控制是以服務公共為目標，組織結構、部門設置、職能權限等會受到外來制度和規定的約束，內部控制制度建設的空間相對企業來說要小；事業單位在資金來源、資本結構、會計處理等方面與企業有著很大區別，內部控制制度建設的內容相對簡單。所以一套設計科學、執行有效的內部控制體系對提升事業單位的管理水具有重要意義。綜合上述事業單位內部控制制度實施過程中存在的問題，要實現有效的內部控制可采取下面幾種方法：
1.增強單位負責人和工作人員對內部控制的意識
對于事業單位內部控制制度的控制是否合理和有效主要在于單位負責人的意識，因此，加強單位負責人對單位內部控制的意識是非常必要的。首先要加強單位負責人在事業單位內部控制方面的培訓與相關知識方面的學習，既能使其掌握關于內部控制的基礎知識，同時也能提高其對內部控制制度進行監理和完善的重要意義，進而提高其對內部控制的充分認識以及創建內部控制環境的必要性。此外，也要加強單位其他工作人員對內部控制及其重要性的認識，提高其自身的綜合素質水。
2．完善事業單位的內部控制制度
現今我國對于事業單位的內部控制制度方面還并沒有相關的規范指導，因此，事業單位應根據實際上單位內部管理和業務的具體內容，來制定內部財務會計制度，要盡量全面完整、具有一定的有效性和可操作性。對于內部會計的控制制度并不是單純的為了根除所有的風險，而主要在于對潛在的風險進行有效地控制。在建立事業單位內部控制的過程中，我們要將單位的業務管理以及活動等各個部門、環節以及工作人員聯系在一起，同時要隨著國家的相關規定以及事業單位的自身情況對內部控制制度進行及時的調整和完善，以便確保有效地實現事業單位的內部控制。
3．提高事業單位內部控制人員的綜合素質
確保事業單位內部控制制度的關鍵就在于擁有一個具有較高的綜合素質水的工作團隊。通過加強對事業單位內部控制人員的培訓和學習，來更新其專業基礎知識，提高專業技能，同時要加強工作人員的自身素養以及職業道德水，樹立良好的單位內部控制意識，進而營造出良好的內部控制環境，與此同時，這也是有效實施事業單位內部控制的保證。
4．加強事業單位內部控制的監督
許多事業單位缺乏對內部控制的有效監督，以至于不能充分發揮內部控制制度的執行作用，因此，有必要加強事業單位對內部控制的監督。首先，對于設有內審機構的事業單位，要充分重視內部審計工作的嚴謹性，同時要加強內部審計人員的綜合素質水，通過實施健全的財務制度，對單位內部出現的問題進行及時的提出和改正，利用內部審計的工作來加強事業單位對內部的有效控制。其次，對于沒有足夠的條件而不能建立單獨的內審機構的事業單位，更要提高財務審計方面的監督，同時對各種監督機制進行全面充分而完善，此外，也要充分發揮其他結構以及監管部門對事業單位的監督作用，以便于充分做好事業單位的內部控制工作。
幾年來，隨著國家對行政事業單位會計制度改革的逐步實施，事業單位在預算的編制執行、政府采購、國有資產管理處置等各方面都有了更明確的規定，這就要求事業單位根據自身實際情況，嚴格執行相關制度規定，設計出一套符合事業單位實際，科學、有效的內部控制制度，逐步加強和完善內部控制體系，發揮內部控制作用，促使內部控制制度得到有效的執行，以保證國有資產發揮最大的經濟作用，取得更好的社會效益。