站3個。博士學位授權點26個，博士生導師137名；碩士學位授權點51個。

學校先后承擔了國家“六五”至“十五”科技攻關項目及國家自然科學基金重點和面上項目、863、873、973計劃項目、國家杰出青年基金項目、國家新藥基金項目、教育部跨世紀人才基金項目等高層次科技項目，同時還承擔國際合作項目的研究。2003年執行各級科研項目400項，在國內外學術刊物上公開發表論文1900余篇。學校公開出版有《重慶醫科大學學報》、《中華肝臟病雜志》、《臨床超聲醫學雜志》、《兒科藥學雜志》和《醫學教育探索》等刊物，面向國內外公開發行。自1978年以來，獲國家科技進步獎、技術發明獎及部、委、省等各級科技成果獎400余項。獲國家發明專利等各類專利26項。我校研制的聚焦超聲腫瘤治療系統（超聲聚焦刀）屬世界首創，2001年3月在全國科技獎勵大會上榮獲國家技術發明二等獎，是我國第一臺具有完全自主知識產權的大型醫療儀器，臨床效果顯著，已實施產業化，2002年成功出口歐洲，在國內外引起很大反響。

改革開放以來，學校共選派1000余人次赴美、英、加、日、俄、法、德、澳、荷蘭、瑞士等國家及香港地區進修、留學、參加學術交流；邀請了272批800人次的外國專家教授來校講學訪問；聘請了56位來自美、日、法及香港地區的醫學專家為我校名譽教授。先后有45名來自美、加、英、澳等國的語言專家為我校外語教師。

隨著國家關于西部大開發和“科教興國”戰略的進一步實施，重慶醫科大學將站在新的歷史起點上，肩負新的歷史使命，抓住機遇，迎接挑戰，開拓創新，與時俱進，為把我國建設成國內一流醫科大學而努力奮斗。