亳州職業技術學院前身是1987年創辦的合肥工業大學亳州教學點和1989年設立的安徽教育學院亳州教學點。在此基礎上，1996年成立亳州工業學校，2003年升格更名為亳州職業技術學院。學院占地面積560畝，總建筑面積23.2萬方米，是一所以藥學類專業為龍頭，醫護、信息、管理類等專業為支撐的綜合類職業院校。

學校開設有藥學院、醫護系、管理學系、電子與電氣工程系、信息工程系、建筑工程系、基礎教學部等六系一部49個專業，其中服務亳州中醫藥等十大產業的相關專業35個，已成為全省唯一一所主打中藥品牌的高職院校。現建有央財支持專業建設項目2項，央財支持實訓基地建設項目2項，省級專業8個，省級綜合改革試點專業4個。建有國家級實訓基地2個，省級實訓示范中心8個。

現有各類在校生7045 人，其中中醫藥和大健康產業鏈相關專業學生數占全院學生總數的70%。學院以“培養學生就業競爭力和發展潛力”目標，“十二五”期間，在全國職業技能大賽中，榮獲一等獎1項；二等獎5項；三等獎8項。在省職業技能大賽中也多次獲獎。畢業生就業率一直保持在98%左右，創業率2.5%，對口就業率保持在85%左右。2011年、2012年，學院連續兩年榮獲“安徽省普通高等學校畢業生就業工作先進集體”榮譽稱號。

起，與安徽中醫藥大學聯合舉辦中藥學專業專升本班，在全省67所高職院校中率先舉辦全日制本科教育，現連續招生兩屆，共117人。與安徽中醫藥大學開展在職研究生專業學位教育，與沈陽藥科大學、合肥工業大學開展本科層次函授教育，目前在籍學生1000余人。
學院現有教師382人，其中教授、研究員和主任醫師等正高級職稱人員 17人,副教授、副研究員、副主任醫師、高級工程師等副高級職稱人員64人，享受市政府津貼教授3名；省級教學名師2人，省級專業帶頭人2人，省級教壇新秀6名，市級專業技術拔尖人才1人，市級學術和技術帶頭人9人，碩士學位及以上教師158人。
學院是安徽省自主招生改革試點院校，安徽省高職院校A聯盟成員單位，安徽省市屬高校聯盟首屆輪值主席單位，淮海經濟區高職院校協作會理事單位。安徽省就業先進單位、安徽省綠化工作模范單位、安徽省紅十字先進模范校、安徽省A級大學生創業孵化基地，第五屆、第六屆亳州市文明單位。
“十三五”期間，學院將圍繞建設“地方技能型高水大學”這個總目標，堅持以學生為中心的辦學理念；堅持以黨建工作為統領，抓規范、建機制、打基礎；堅持走內涵式發展道路，著力培養學生的就業競爭力和發展潛力；堅持改革創新，全面提高辦學水。